黑暗扎基，乃是曾经有幸见过传说中的诺亚奥特曼M80天蝎座球状星云来访者行人利用诺亚奥特曼基因所克隆出来的生物兵器，在后来的过程中，作为生物兵器的黑暗扎基逐渐有了自我意识，随即暴走破坏了来访者星人所居住的星球，纵观整部《奈克瑟斯奥特曼》，其中的阴谋基本上都与黑暗扎基有关系，可以说，黑暗扎基是奈克瑟斯奥特曼，乃至于诺亚奥特曼的宿敌也毫不为过，而这份关系，哪怕是夏树成为了奈克瑟斯奥特曼的适能者，也没有改变，或者说，黑暗扎基这个家伙，还阴魂不散的随着奈克瑟斯奥特曼来到了迪迦奥特曼的世界，三千万年前，正是他和黑暗支配者加坦杰厄勾结，并且在关键时刻故意引诱他离开地球，这才使得当时的地球防卫团全军覆没，等到夏树回到地球的时候。
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